1つのサーバでmysqlを2台動かしてmy.cnfを分けたときに、DBIから接続する際にそのmy.cnfをdata sourceとして読み込ませる方法を初めて知った。。。(see also DBD::mysql) 
my $dbh = DBI->connect('dbi:mysql:foo;mysql_read_default_file=/path/to/my.cnf', 'root', '') or die $!;
こうやるとできるみたい。もちろんmy.cnfの[client]セクションに接続したいmysqldの起動してあるポートとかを指定する必要があります。まぁ最近はサーバのコストも低くなってきているので、1台で複数のmysqlを動かすなんて機会がないっちゃないんですけどね…。 これは個人サーバでやりたかっただけです。